岩溶洞穴分类的方案有很多，但未能形成统一意见；目前较为普遍接受的方案是依据其所处的水动力带划分为渗流带洞穴、潜流带洞穴和地下水面洞穴。
岩溶洞穴的形成和发展主要受到水的物理化学性质和水动力条件及所在地的自然地理和地质地貌特征。从洞穴形成作用差异性角度出发，世界上的岩溶洞穴主要有三大成因类型：
一是由大气降水及其次生地下表层渗透水形成的洞穴，即雨水型岩溶洞穴，在我国最为发育，分布也最广；
第二类是由地下热水形成的洞穴，常表现为平面展布面积较小的迷宫状立体空间结构，如长度目前分居世界第四和第九位的美国南达科他州Jewel Cave和Wind Cave，匈牙利布达佩斯和米什科尔茨的热水洞穴等，我国则迄今尚未见报道；
第三类是由不同化学类型水混合 作用形成的洞穴，如澳大利亚纳拉伯平原滨海岩溶区咸淡水混合作用所形成的洞穴。
为此，我们从系统论观点出发，以岩溶含水层为一独立系统，根据控制洞穴形成发育的不同水流输入-输出方式，将岩溶洞穴划分为流入含水层型，流出含水层型与穿越含水层型。流入型洞穴一般只有进水洞口发育而无出水洞口，通道末端往往终止于没顶入水塘；流出型洞穴则只有出水洞口而无进水洞口发育，其通道末端亦消失于没顶出水塘；穿越型洞穴既有进水洞口又有出水洞口发育，通道贯穿整个系统，其实际上是一个岩溶洞穴发育系列的终端
